Dans le Valais, la fondue est à base de fromage à raclette. L'eau-de-vie de prunes remplace parfois le kirsch.
La recette de la fondue neuchâteloise comporte un tiers de gruyère, un tiers d'emmental et un tiers de vacherin.
En Suisse orientale, on choisit surtout de l'appenzell. La fondue est arrosée au cidre et à l'eau-de-vie de pommes.
Quand elle est à base de vacherin uniquement, la fondue fribourgeoise est assez différente. Elle ne comporte aucun alcool et peut être servie avec des pommes de terre. Le fromage fond doucement, allongé de très peu d'eau, sur feu très doux. Il ne faut surtout pas porter à ébullition, car le fromage se figerait. Tout vacherin, du plus jeune au plus vieux, peut être utilisé.
Quant à la fondue aux tomates, que l'on prépare parfois dans le Valais, elle mélange du fromage à raclette et du coulis de tomate, fondus ensemble et liés avec un peu de fécule et de vin blanc. On l'accompagne souvent de pommes de terre bouillies (à la place du pain).